Специалист в области медицины катастроф.
Область научных интересов — проблемы функционального состояния человека в экстремальных и неблагополучных условиях внешней среды, профессиональная патология, радиационная медицина.
Председатель докторских диссертационных советов Д 205.001.01, Д 205.001.02 на базе ВЦЭРМ им. А.М.Никифорова МЧС России.
Главный редактор журнала «Медико-биологические и социально-психологические проблемы безопасности в чрезвычайных ситуациях».
Под научным руководством Алексанина С.С. защищено – 6 докторских и 25 кандидатских диссертаций по медицинским и биологическим наукам. Автор более 250 печатных работ, в том числе 17 монографий, 30 учебных пособий, методических пособий, руководств, 5 авторских свидетельств (патентов) на изобретение.